核酸与蛋白质的相互作用是细胞内众多生理过程得以实现的决定性因素之一，了解哪些核酸和蛋白之间存在相互作用、阐明核酸与蛋白互作的位点(和可能的结构)，对于理解核酸-蛋白互作复合物在调节细胞过程或信号转导途径中所起的作用至关重要。目前可用于检测核酸蛋白互作的技术很多，主要可分为两类：以核酸为中心的检测方法和以蛋白为中心的检测方法。

以核酸为中心的检测方法有酵母单杂交，ChIRP，RNA/DNA pull down等，此类技术可以检测与特定核酸互作的多种蛋白。

酵母单杂交

原理：在报告基因启动子上游添加目的DNA序列，将待测蛋白与AD（转录激活域）融合表达，若DNA与待测蛋白存在互作，则AD激活报告基因表达。

优势：能够鉴定ChIP等技术难以检测到的低丰度和组织特异性的蛋白，并能用来确定和细化蛋白具体结合位点，通过构建酵母单杂交文库可以获得众多与特定DNA序列存在互作的蛋白或TF。

ChIRP

原理：利用核酸探针富集特定RNA，与RNA存在互作的染色质、蛋白、DNA等物质也被富集，利用测序或质谱等技术分析与RNA存在互作的蛋白和DNA等物质。

优势：既可用于研究RNA、蛋白质、DNA三种物质的互作，也可用于RNA-蛋白质、RNA-DNA（或RNA）两种物质之间互作；利用CHIRP联合MS或测序，可以在细胞中寻找与目的RNA存在互作的所有蛋白和DNA（或RNA）。

RNA/DNA pull down

原理：利用核酸探针直接富集与特定RNA或DNA互作的蛋白，利用质谱等技术分析与RNA/DNA存在互作的蛋白信息。

优势：实验流程和周期较短，核酸探针设计范围广。