公民科学家助力药物发现:Drugit分子乐高成功设计活性VHL配体_abio生物试剂品牌网

abiopp7个月前未命名123
普通玩家也能参与尖端药物设计?
  范德堡大学与勃林格殷格翰的最新研究证明:公众科学家智慧可重塑药物研发未来。

2025年4月,范德堡大学Jens Meiler团队与勃林格殷格翰合作,在《Nature Communications》上发表研究《Drugit: crowd-sourcing molecular design of non-peptidic VHL binders》


Drugit是基于热门在线公民科学游戏Foldit开发的小分子设计模式,首次通过众包模式招募公民科学家设计靶向Von Hippel-Lindau(VHL)E3连接酶的特异性结合剂。上百名玩家在满足多重成药性要求下,创造了数千个分子。其中一位业余玩家设计的分子在蛋白质NMR实验中显示出剂量依赖性结合能力,其与VHL的共晶结构证实了设计思路的准确性,这一结果有力证明了公民科学家能通过游戏化平台,为复杂药物分子设计提供创新解决方案,为早期药物发现的开放创新提供了新模式。

VHL:PROTAC技术的热门引擎
VHL E3连接酶是CUL2-RBX1-ElonginBC-VHL泛素连接酶复合物的核心组分,也是蛋白水解靶向嵌合体(PROTACs)中常用的E3连接酶之一,通过招募泛素化系统实现靶蛋白降解。单个VHL配体可与不同靶蛋白配体结合,构建针对多种疾病靶点的降解剂,是极具价值的药物开发工具和理想测试案例。

玩家化身“分子工程师”:Drugit如何运作?
Drugit VHL谜题系列包含十轮谜题,于2021年10月20日至2022年1月12日连续发布。十轮谜题保持蛋白靶点结构不变,差异化设置起始分子与评分权重,并由药物化学家审核并调整优化限制条件。Drugit框架支持复合物全自由度几何优化,但研究中为模拟早期药物发现流程,固定蛋白质构象仅允许小分子移动。该策略与早期药物研发的设计方法接近,可以引导玩家聚焦先导化合物结合模式的适配性优化。Drugit界面如图所示:
  • 拖拽原子面板:实时添加/删除化学键、改变元素种类或键序
  • 片段工具:一键插入官能团,快速组装类药分子
  • 实时评分系统:综合Rosetta能量和多重成药性参数计分
  • 撤销功能以颜色编码可视化操作路径,支持回溯以进行多路径探索Drugit界面


从虚拟设计到真实分子:多重筛选漏斗
赛后筛选中,研究人员先从6500个玩家设计化合物中剔除结合位点匹配度差的分子,结合空间计算工具与药物化学判断,初筛出1073个分子。随后通过构象分析和理化性质评估,保留潜力化合物并基于专业经验进行药物结构优化。再经机器学习模型预测药物活性和结合能力,最终依据合成可行性、稳定性及结构多样性等标准,选定19个分子进入专家评审及合成阶段。

玩家设计的分子如何变成候选化合物?关键在药效验证:
研究人员利用TR-FRET竞争结合实验初筛合成分子活性:
  1. 使用Access Workstation工作站配合Echo声波移液系统,将测试化合物转移至384孔板,设置11点5倍梯度稀释(最高浓度100μM),每孔终体积150nL;
  2. 通过Echo声波移液系统添加15nL Cy5标记VHL示踪剂(10μM);
  3. 全孔加入15μL反应混合液,室温孵育40分钟后,用高通量酶标仪按TR-FRET标准程序检测信号。
  Access Workstation工作站
Access Workstation自动化平台优势:
  • 微量化检测,降低实验成本,加速高通量药物筛选
  • 直接稀释,消除连续稀释误差,提升活性化合物发现率
  • 模块化可扩展,灵活应对实验室检测要求变化
  • 稳定运行,全球装机200+充分验证,保障实验可重复性

众包设计+自动化验证:药物研发增效路径初探
Drugit研究通过众包模式激活公众创造力,结合自动化实验平台成功设计非肽类VHL结合剂,初步验证公民科学家参与早期药物发现的可行性。该模式展现出群体创造力与自动化工具协同的潜力——从数千玩家设计中高效筛选合成活性化合物,开辟药物研发新路径;同时,纳升级移液系统与高通量自动化平台保障实验精准度与可重复性,加速化合物药效验证流程。未来自动化技术与开放科学的深度融合有望突破传统研发壁垒,推动药物研发领域的发展。
{"weibo":"1","wechat":"1","qq":"1","qzone":"1","douban":"1","linkedin":"1","diandian":"1","facebook":"1","twitter":"1","google":"1"}

相关文章

薄膜扩散梯度采样装置(DGT)在湿地土壤中的运用_abio生物试剂品牌网

薄膜扩散梯度采样装置(DGT)在湿地土壤中的运用_abio生物试剂品牌网

薄膜扩散梯度采样装置(Diffusive Gradients in Thin films,DGT)是一种用于测定水体和土壤中溶解性和可交换性离子的技术。在湿地土壤研究中,DGT有以下几种主要应用:...

多模式层析填料在胶原蛋白纯化中的应用_abio生物试剂品牌网

多模式层析填料在胶原蛋白纯化中的应用_abio生物试剂品牌网

文章来自博格隆 www.bestchrom.cn 博格隆的多模式层析填料兼具离子交换作用、疏水作用和氢键作用机制,表现出优秀的分辨率,又因其独特机制能够耐受较高电导的样品上样,常用于酵母或动物细胞培...

文章分享ChIP-seq:如何解开拟南芥复制应激谜团?_abio生物试剂品牌网

文章分享ChIP-seq:如何解开拟南芥复制应激谜团?_abio生物试剂品牌网

2023年7月,在《Molecular Plant》期刊上发表的一篇研究论文“Distinctive and complementary roles of E2F transcription fact...

SLIDEVIEW VS-M1与VS200组合方案助力应对数智病理转型_abio生物试剂品牌网

SLIDEVIEW VS-M1与VS200组合方案助力应对数智病理转型_abio生物试剂品牌网

面对数智病理转型的荆棘之路,EVIDENT SLIDEVIEW系列化身破局利剑,为您披荆斩棘!   在数字化产业转型的浪潮奔涌之际,病理学正经历着前所未有的革新机遇。奥伟登(Eviden...

C/EBPβ 拮抗剂诱导巨噬细胞促炎极化增强抗肿瘤免疫_abio生物试剂品牌网

C/EBPβ 拮抗剂诱导巨噬细胞促炎极化增强抗肿瘤免疫_abio生物试剂品牌网

The C/EBPβ antagonist peptide lucicebtide (ST101) induces macrophage polarization toward a pro-infla...

常见胃癌、结直肠癌IHC肿瘤标志物及作用_abio生物试剂品牌网

常见胃癌、结直肠癌IHC肿瘤标志物及作用_abio生物试剂品牌网

肿瘤标志物是临床肿瘤早筛和诊断的一组重要指标,在癌症研究中起着至关重要的作用。在肿瘤标志物研究中,免疫组织化学(IHC)技术不仅可以检测待定的标志物,也是临床判定的标准。通过IHC技术可视化结果并结合...