蛋白互作是验证基因或疾病作用机理不可或缺的一环，常用的检测方法有：酵母双杂、串联亲和纯化、co-IP、FRET、荧光蛋白（萤光素酶）融合等。不同的检测方法各有优势，本期将介绍酵母双杂的原理和优势。

· 酵母双杂的原理 ·
酵母作为一种真核生物，其基因的转录需要反式作用因子的参与。反式作用因子GAL4由DNA结合域（BD）和转录激活域（AD)组成，完整的GAL4能结合至启动子上游顺式作用元件并启动转录，导致下游基因的表达。
在构建机制上，可将已知蛋白与BD构建为融合蛋白，将待测蛋白和AD构建为融合蛋白，若已知蛋白与待测蛋白存在相互作用，则两者相互结合，导致BD与AD在空间上的距离非常相近，发挥完整的反式作用因子功能，启动下游报告基因表达，可通过检测报告基因的表达判断蛋白的互作水平。
在实际应用中，通常有大量商业化产品直接使用，如AH109菌株，其既不能产生GAL4，又是Trp和Leu缺陷型菌株，无法在营养缺陷培养基中生长。当两种配套载体所表达的融合蛋白能够相互作用时，完整的反式作用因子能够激活酵母中基因表达，使得酵母可在营养缺陷培养基上生长，达到筛选互作蛋白的功能。

基于AD/BD的核系统酵母双杂交原理 · 优势和局限 ·
酵母双杂的优势在于，其实验操作过程相对简单，实验结果易检测；同时酵母生长速度快，可通过高通量库筛，快速获得大量与已知蛋白有互作的潜在蛋白，在初步筛选中具有重要应用。
但其劣势在于，酵母双杂的假阳性较高，实验结果需多次重复，或用其他互作方法验证，且基于AD/BD的酵母双杂仅能验证核内蛋白的互作，对于定位于核外蛋白，膜蛋白，或蛋白互作后定位转移的蛋白，检测结果可信度不高。针对此类蛋白，科研人员开发了基于分离半泛素融合的膜系统酵母双杂交。